Заметным изменением по сравнению с предыдущими сезонами, стало возросшее количество воображаемых сцен с Гарри, приёмным отцом Декстера. Гарри предлагает советы, идеи, или в чём-нибудь упрекает Декстера. В предыдущих сезонах Гарри появлялся во флэшбэках из прошлого Декстера.
Мигель Прадо (Джимми Смитс), помощник окружного прокурора и старый приятель лейтенанта ЛаГуэрты, работает с Декстером, расследуя убийство своего младшего брата Оскара. Мигель не знает, что Оскара непреднамеренно убил Декстер, пытаясь поймать убийцу-наркоторговца по кличке Фрибо (на которого в итоге упало подозрение в убийстве Оскара). Позже, выследив местонахождение Фрибо, Мигель обнаруживает там Декстера с ножом в крови, но вместо того, чтобы его арестовать, Мигель обнимает Декстера и благодарит за отмщение брата.
Тем временем, Рита беременеет и перед Декстером встаёт дилемма: оставлять ребёнка или нет. В итоге, Рита решает оставить ребёнка независимо от решения Декстера и он, после некоторых раздумий, делает Рите предложение.
На протяжении третьего сезона, Дебра изо всех сил старается получить значок детектива, но её снимают с расследования дела Фрибо и вместе с новым напарником Джои Куинном (Десмонд Харрингтон) переводят расследовать дело серийного маньяка, снимающего кожу с ещё живых людей, и получившего из-за этого прозвище «Скорняк» (англ. The Skinner). Также Дебра вступает в близкие отношения с Антоном (Дэвид Рэмси), одним из информаторов Куинна, который начинает с ней работать. Тем не менее, Юки Амадо (Лиза Лапира), женщина-офицер из Службы Внутренних Расследований, начинает давить на Дебру, чтобы та выдала ей информацию о Куинне, пообещав взамен помочь с получением значка детектива, но Дебра отказывается, несмотря на заверения Юки, что Куинну нельзя доверять.
После того, как Декстер и Мигель сообща скрыли смерть Фрибо, они становятся близкими друзьями, как и Рита с женой Мигеля, Сильвией (Валери Круз). В то время как Рита попадает в больницу, Декстер уезжает на круизный лайнер, чтобы убить очередную жертву. Мигель догадывается, что Декстер совершил новое убийство, и приходит в восторг, предложив свою помощь в будущем. В попытке убавить пыл у Мигеля, Декстер предлагает рискованную операцию по освобождению лидера нацистского движения, продолжавшего совершать преступления даже внутри тюрьмы, и его последующему убийству. Мигель соглашается на эту идею и их план срабатывает (несмотря на тревогу, поднявшуюся во время побега), и Декстер начинает воспринимать Мигеля как первого и единственного настоящего друга, в итоге пригласив его на должность шафера у себя на свадьбе.
Сотрудничество Мигеля и Декстера выходит на новый уровень, когда Мигель предлагает новую жертву, бывшего игрока в американский футбол, который убивает своих должников в качестве оплаты долга. Декстер соглашается и, подготовив западню и обучив Мигеля основам «Кодекса», становится свидетелем первого убийства Мигеля. Тем не менее, на следующий день пропадает Эллен Вульф, адвокат и старая судебная соперница Мигеля, и Декстер, заподозрив неладное, выясняет, что это Мигель убил её. Позже Декстер осознаёт, что Мигель манипулировал им с самого начала, и перестаёт ему доверять.
Декстер и Мигель начинают угрожать друг другу, в то время как полиция расследует смерть Эллен Вульф. В итоге Декстер понимает, что больше не может контролировать Мигеля, и решает убить его, подделав «почерк» Скорняка. Мигель помогает Скорняку бежать и избежать полиции в обмен на его согласие убить Декстера.
ЛаГуэрта расследует смерть Эллен Вульф и находит неопровержимые улики, указывающие на Мигеля. Мигель узнает, что ЛаГуэрта его подозревает, и решает её убить, но Декстер обо всём догадывается и ловит Мигеля раньше. Перед тем как убить Мигеля, Декстер признаётся ему в убийстве Оскара.
После того, как тело Мигеля находят, его принимают за очередную жертву Скорняка. Но Рамон (Джейсон Мануэль Олазабал), другой брат Мигеля, подозревает в этом убийстве Декстера. После того, как он нападает с оружием на Декстера на его ужине с Ритой, Анхель и Дебра его арестовывают. Декстер навещает Рамона в тюрьме и помогает ему разобраться в себе.
В ночь перед свадьбой Скорняк похищает Декстера, но Декстеру удаётся освободиться и убить Скорняка, обставив всё как случайную смерть под полицейской машиной.
Сезон завершается с несколькими намёками на дальнейший сюжет. Во-первых, портрет биологической матери Декстера, лежащий на столе Дебры. Пока неизвестно, узнает ли Дебра о её интриге с Гарри. Во-вторых, Декстер узнаёт о том, что Рита скрыла то, что она была замужем до Пола. Не исключено, что это послужит основной для сюжетных линий соответствующих персонажей в грядущем сезоне. Также остались неизвестными результаты расследования смерти Мигеля. Кроме того, персонаж Куинна и его предыстория, включающая внутреннее расследование, оставили после сезона несколько нераскрытых вопросов.