Сериал посвящен раскрытию преступлений, которые расследует специальный агент ФБР Сили Бут с помощью команды антропологов из Джефферсоновского института (аллюзия на Смитсоновский институт) под руководством доктора Темперанс Бреннан по прозвищу «Кости». Доктор Бреннан и её команда, как правило, получают дела, где от тела убитого остались только кости либо же сгнившие останки. Кроме преступлений в сериале также раскрываются личные взаимоотношения между основными персонажами, включая потенциальный роман между Бутом и Бреннан.
Литературной основой персонажей сериала является цикл детективных романов Кэти Райкс, главной героиней которых является доктор Бреннан. На настоящий момент опубликовано 12 книг. Следует иметь в виду отличия между персонажем книг и сериала: в книге доктор Темперанс — зрелая, уже разведенная женщина, имеющая взрослую дочь, и никаких загадочных родителей, в прошлом страдавшая от алкоголизма, живущая в Квебеке и, что самое важное, не обладающая таким хладнокровным, отстраненным, нетактичным и порой непонятным для окружающих характером.
Кэти Райкс является дипломированным антропологом, осуществлявшим судмедэкспертизу для ФБР, и образ доктора Бреннан в книгах во многом является её альтер-эго. Кэти Райкс также выступает продюсером данного сериала. В сериале Бреннан тоже пишет детективные романы, причем героиню её романов зовут Кэти Райкс.

Главная героиня сериала - доктор Темперанс Бреннан (Эмили Дешанель), блестящий судебный антрополог работает на ФБР, а в свободное время пишет романы. Темперанс владеет особым методом идентификации останков, что позволяет ей докапываться до истины и раскрывать преступления даже тогда, когда обычные методы криминалистики уже не действуют. В буквальном смысле слова она находит «ключи» к преступлениям в костях жертвы. Именно поэтому, возможно, ее часто привлекают к расследованию нераскрытых дел или дел с большим сроком давности.

    * Второе имя Анджелы Монтенегро — «Pearly Gates» — является названием гитары, принадлежащей участнику ZZ Top Билли Гиббонсу, играющего отца Анджелы в некоторых эпизодах.
    * Т.Дж. Тайн появился в 3 эпизодах в заключительном сезоне (2003) сериала «Ангел» (1999 — 2004), в котором сыграл главную роль Дэвид Бореаназ, играющий в сериале «Кости» специального агента Сили Бута.
    * «The Royal Diner» —- кафе, куда Бреннан и Бут (а иногда и другие персонажи сериала) ходят, чтобы расслабиться после работы, — действительно существует в Вашингтоне.
    * В 17 серии 5 сезона Свитс сравнивает школьного сторожа, роль которого исполнил Роберт Энглунд, c Фредди Крюгером. Примечательно то, что Энглунд играл Крюгера в оригинальной серии фильмов «Кошмар на улице Вязов».
    * Джоэль Мур играющий Колина Фишера выигрывает 3 билета на премьеру фильма Аватар, хотя Мур играет в Аватаре одну из ключевых ролей.
    * В 7 эпизоде 3 сезона лучшего друга жертвы зовут Гил Бейтс.
    * В 10 эпизоде 5 сезона двоюродную сестру доктора Бреннан играет настоящая сестра Эмили Дешанель, Зоуи.