Премьера третьего сезона сериала состоялась 17 сентября 2007 года. Первые 17 минут премьерной серии были показаны на официальном сайте сериала 24 августа 2007. Изначально сезон должен был состоять из 22 серий, но из-за зимней забастовки сценаристов, продлившейся 100 дней, было снято лишь 13 серий. Сюжет продолжает финал второго сезона в Панаме. Хотя Линкольна оправдали, Майкл был заключён в федеральную тюрьму «Сона» лицом к лицу с убийцами. Махоуна, Бэгвелла и Беллика также заключили в Сону за различные преступления. «Компания» взяла в заложники Сару и Линкольна-младшего и отпустит их, если Линкольн и Майкл помогут бежать заключённому.
Люди, которые захватили в плен подругу Скофилда Сару Танкреди, подстраивают её убийство (присылают Линкольну голову похожей на Сару женщины — это выясняется лишь в 4 сезоне, однако и в ходе 3 сезона у зрителей возникают вопросы, поскольку самой сцены убийства показано не было) и угрожают убить его сына Эл-Джея. Братьям необходимо выполнить условия правительственных вымогателей и вывести из «Соны» загадочную личность — Джеймса Уистлера.