Секретные материалы — научно-фантастический и мистический сериал о двух агентах ФБР: Фоксе Малдере и Дане Скалли. В основу большинства серий были положены различные мифы и легенды народов, когда-либо существовавших или населяющих Землю.
Специальному агенту Дане Скалли, доктору и выпускнику академии ФБР в Виргинии, поручают работу в паре с агентом Фоксом Малдером над проектом «Секретные материалы» — архивом таинственных, нерешённых дел ФБР, которые зачастую связаны с паранормальными явлениями, случаями вампиризма и оборотничества, нападением генетических мутантов, свидетельствами о похищении людей пришельцами…
Малдер верит в пришельцев и пытается убедить скептика Скалли, что не всё и не всегда поддаётся разумному объяснению. Это связано с детством Малдера, душевной травмой, которую он перенёс в связи с исчезновением его сестры Саманты. Малдер убеждён, что её похитили инопланетяне, и пытается выяснить, как; это терзает его на протяжении всей жизни. Также отец Малдера своими поступками в прошлом повлиял на его выбор в будущем. В своих дискуссиях Малдер и Скалли не столько стараются убедить друг друга, сколько получают удовольствие от самого общения. Постепенно первоначальное взаимное недоверие перерастает в дружбу, а чуть позже и в более глубокое чувство.
Эпизоды сериала делятся на два вида. Часть из них относятся к основной сюжетной линии, называемой мифологией сериала, которая на протяжении всех сезонов ведёт к своему логическому завершению и повествует о том, как Малдер и Скалли пытаются раскрыть тайны секретной правительственной организации, располагающей фактами о прибытии на Землю инопланетных цивилизаций. Подавляющее большинство других серий «Секретных материалов», которые называют монстрами недели, рассказывают об отдельных расследованиях Малдера и Скалли, как правило, не связанных с «мифологией». Тем не менее, некоторые «монстры недели» могут быть косвенно связаны с сюжетными линиями «мифологии», например, в том, что касается заговоров и интриг внутри ФБР и правительства США, личной жизни главных героев и второстепенных персонажей, ключевых именно для «мифологии». Поэтому для всестороннего понимания и оценки художественной ценности сериала необходимо смотреть все его серии и даже несколько абстрагироваться от какого-либо разделения на «мифологические» и «немифологические».
Ближе к завершению сериала раскрывается его фундаментальная суть, которая проливает свет на большинство описываемых в нём событий; по задумке авторов правда, как всегда, туманна, и истина ускользает в самый последний момент.

«Секретные материалы» стали одним из самых популярных сериалов. Большой коммерческий успех фильма объясняется как участием в съёмках звёзд — Дэвида Духовны и Джиллиан Андерсон, так и темой сериала — проявлениями внеземных цивилизаций и поисками контактов с инопланетянами.

Сериал популяризировал фразы:
* Всё умирает (Everything Dies)
* Истина где-то там… (The Truth is Out There)
* Не доверяй никому (Trust no one)
* Поверить в ложь (Believe the Lie)
* Я хочу верить (I Want to Believe) — надпись на плакате с летающей тарелкой в кабинете Малдера
* Отрицать всё (Deny everything)
* Ничто не исчезает бесследно (Nothing disappears without trace)
* Извинения как политика (Apology is Policy)
* Лгать. Изворачиваться. Вводить в заблуждение. (Deceive. Inveigle. Obfuscate.)
* Они смотрят (They’re watching)
Большинство из приведённых фраз являются теглайнами к отдельным эпизодам сериала, но не названиями самих серий (они никогда не указываются). Основной теглайн «Истина где-то рядом» сопровождает большую часть эпизодов, однако в некоторых сериях он меняется.